É a valência mais antiga da instituição e o seu funcionamento remonta a 1980.

A Escola Especial é frequentada por alunos com graves problemas de aprendizagem e desenvolve com eles um programa educativo individualizado que contempla as áreas essenciais à autonomia e adaptação social: cuidado pessoal, comunicação, socialização, motricidade e manualidade.

A admissão obedece às normas do Ministério da Educação, fixadas na Portaria 1102/97, nomeadamente o reconhecimento pelos pais, pela escola de origem e pelos serviços regionais de educação especial das vantagens esperadas da escolarização neste contexto.

O governo determinou em 2008 o reforço da capacidade de resposta das escolas públicas a estes alunos, com vista à evitar futuros encaminhamentos para as escolas especiais e conseguir a médio prazo o seu encerramento.

Em linha com estas decisões, a escola especial da Cerci-Lamas é frequentada, no ano escolar 2010-11, por apenas oito alunos, que irão saindo desta valência à medida que atingirem o limite da idade escolar.

Uma parte dos recursos físicos e humanos da escola especial estão a ser transferidos para o Centro de Recursos para a Inclusão.

A equipa técnica da escola especial é constituída pelo psicólogo e director pedagógico David Domingues, duas professoras destacadas, terapeuta ocupacional, auxiliar pedagógica do ensino especial e vigilante.